El 18 de agosto de 1891 se fundó esta asociación, siendo su primera directiva los Doctores: Manuel Durán Bracho (Presidente), Juan Francisco Alfonseca (Vicepresidente), Pantaleón Castillo (Bibliotecario) y Julio Lyón (Tesorero).

Se destacan entre Los principales objetivos de esta Asociación en esa época: El impulso de los adelantos médicos, mejoramiento de la organización de los estudios médicos y fortalecimiento de la fraternidad entre sus miembros.

Para el 1892 se ofrecieron actividades de opinión, participación y orientación a la ciudadanía en varios casos de difteria que se presentaron en la ciudad capital, a solicitud de las autoridades municipales de Santo Domingo.

Posteriormente, las actividades de la Asociación fueron muy reducidas y solo se limitaron a informaciones periodísticas hasta fines de la primera y segunda décadas del siglo XX. En 1911 se celebra el primer Congreso Medico Dominicano, en el cual se resolvió en su última sesión, reunirse nuevamente en 1914, y dejar constituida la Asociación Médica de la República. El Dr. Salvador B. Gautier fue el encargado de todo lo que debía ponerse en práctica para el establecimiento de la Asociación.

Desde esos años la AMD no tenia local; el Dr. Federico Henríquez y Carvajal, Rector de la Universidad en julio de 1931, no podía ofrecer a la asociación un establecimiento, pero sí se le pedía con antelación, el podía conseguir un departamento para la realización de los actos. La AMD consiguió para el año de 1963 un solar estando en la presidencia el Dr. Agustín Rodríguez Cabral, construyéndose posteriormente el edificio actual.

Para el 19 de diciembre de 1932 se conoció el decreto del presidente Trujillo, para la celebración de un congreso medico dominicano el 12 de octubre de cada año, aunque no se celebraron estos congresos hasta la década de 1940.

En aquella época se les pedía a los miembros de la asociación estudiar algún tema de terapéutica para exponer a la asociación el resultado de sus observaciones, la vacuno-terapia era el tema de mayor interés a tratar, por lo tanto se le daba prioridad.

El Dr. Viriato Fiallo para el 22 de febrero de 1933 ofreció algunos proyectos de diseño del emblema de la AMD, aunque esta idea pasó a una comisión nombrada al efecto, para rendirle un informe.

En 1941 se celebró una votación secreta para la elección de la directiva para el año 1941-42, circularon dos candidaturas, una donde se presentaba como presidente al doctor Darío Contreras y otra al doctor Fernando Batlle, siendo elegido este último de esta forma: Dr. Fernando Batlle (47 votos) Presidente, Dr. Darío Contreras (41 votos) 1er. Vicepresidente, Dr. Heriberto Valdez (41 votos) 2do Vicepresidente.

Entre los tópicos que la Asociación Medica tendría que abordar para 1941 están: La patología propiamente nacional, Las especializaciones, Colaboración Científica, El Curanderismo, Las costumbres de ir a consultar al extranjero, La falta de médicos rurales, entre otros.

El 19 de febrero del 2003 surge la Ley 68-03 que crea El Colegio Medico Dominicano, como corporación de derecho interno, de carácter autónomo y con personería jurídica. El Colegio Medico Dominicano es la continuación de la historia gremial, científica y social de la Asociación Medica Dominicana.

Servir al Estado Dominicano como organismo consultor en materia de salud, defender el derecho de los médicos, sus intereses morales, intelectuales y materiales de su profesión; propugnar porque en regiones lejanas de nuestro país se implementen incentivos económicos y sociales, crear un código de ética médica, así como procurar la remuneración de la docencia y la investigación en salud, son fines de esta organización.

En respecto a lo social el CMD tiene el objetivo de hacer que el ejercicio de la profesión médica tenga carácter humano y este apegado a normas y principios como la solidaridad.